安捷伦：SureSelect临床研究外显子组V4

安捷伦全外显子捕获产品：SureSelect临床研究外显子组V4

目前市面上，全外显子捕获产品非常丰富，各家产品都有各自的特色与优势；近期安捷伦推出了SureSelect 临床研究外显子组 V4，有很多新增加的内容都是临床所急需的，下面就由基因游侠带领各位读者朋友领略这款产品的魅力！

致病性深内含子变异

在临床检测中，我们非常担心检测所用的全外显子在致病区域没有设计探针，特别是某些基因的内含子区域，这些内含子基因变异可能会影响 RNA 剪接。

例如近期新华医院临床遗传中心余永国团队在对本中心既往 10 年遗传层面未确诊的 96 例高丙氨酸血症（HPA）患者，用二代测序筛查了 PAH 全基因（包括编码区和非编码区）的变异，发现了多个位于深部内含子的变异。

然后对可疑变异进行体外 minigene 验证，明确了 12 种位于 PAH 基因深部内含子的致病变异，进一步提高了 PAH 基因的突变检出率，将本中心 HPA 患者的遗传检出率从 95.3% 提高到 99.3%[1]。
 

而 SureSelect 临床研究外显子组 V4 在查询了数据库后，额外增加了 ClinVar、HGMD 及 ACMG secondary findings 的 73 个相关基因非编码区变异，配合内含子筛选生信分析流程，相比常规全外显子可以有效提高相关遗传病的阳性检出率。

SureSelect CRE V4 对非编码区的覆盖

非编码区大片段致病性变异

全外显子相比全基因组来说，其中一个短板是不能明确大片段 CNV 的断裂点，特别是一些多见的遗传病，比如杜氏肌营养不良症，马凡氏综合症，肌肉萎缩症，Ehlers-Danlos 综合征，Charcot-Marie-Tooth 病，Von Hippel-Lindau 综合征，威尔逊氏症，多发性内分泌，腺瘤病 (MEN) 视网膜母细胞瘤，早衰症，Fanconi 贫血，先天性膈疝，儿茶酚胺敏感性多形性室性心动过速等。

就拿 DMD 基因来说，三分之二的致病变异来自缺失与重复，所以外显子水平的 CNV 检测就需要特别被关注，而全基因组除了依靠测序深度来判断缺失重复之外，还可以依赖断裂 reads 和配对距离异常的 reads 来判断，并且可以直接找到断裂点[2]，SureSelect 临床研究外显子组 V4 针对 41 个经常发现大片段 CNV 的基因设计了几乎覆盖整个基因区域（包括内含子区域）的探针，能够实现与全基因组相同的检测效能。

SureSelect CRE V4 对小型基因组的覆盖能够提升重要罕见病相关的大片段致病性变异的检出

线粒体疾病

临床上线粒体 DNA （mtDNA）致病性突变已发现近百种

2015年，美国机构——美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）编写和发布了《ACMG遗传变异分类标准与指南》。核基因组（nDNA）上变异分类可通过该指南进行，然而线粒体基因组（mDNA）变异分类仍存在较大困难（因为线粒体基因组有很多不同于核基因组的特点：母系遗传，mtDNA的多拷贝性，变异存在异质性，组织分布差异，阈值效应，随机分离等）。

2020 年，包括 Lee-Jun C. Wong 在内的多位专家在遗传学杂志《Genetic in Medicine》[3]和《Human Mutation》[4]发表了线粒体基因组变异的分类标准。在临床上线粒体突变导致的疾病临床表型多样，不能忽视对线粒体 DNA 的检测，SureSelect 临床研究外显子组 V4 全面覆盖所有 37 个线粒体基因，不遗漏线粒体突变。

SureSelect CRE V4 对线粒体基因组等的覆盖

SureSelect 临床研究外显子组 V4 由安捷伦与世界知名临床分子遗传学家、美国埃默里遗传学实验室前执行主任 Madhuri Hegde 博士及其团队合作开发，是专业医学洞见和安捷伦十余年捕获探针合成经验的结合；2016 年推出的 CRE V2 在就是当时临床研究中覆盖为全面的人全外显子组产品，CRE V4 则在 CRE V2 基础上结合临床需求，进一步在基因内容选择、探针合成与铺设、NGS 湿实验流程、实验室自动化等层面进行了更迭，更加适用于遗传性疾病临床研究。

SureSelect 临床研究外显子组 V4 的

核心特点与价值

1、41.1Mb 靶标区域，48.5Mb 探针设计大小，高测序性价比  

2、6500+ 疾病相关基因，性染色体加强覆盖；包含深内含子变异，41 个 mini 基因，1500+ 祖源SNP，100+ 药物基因组 SNP，常见致病 CNV 等

3、全面覆盖人类蛋白质编码和经筛选的非编码区域

4、针对 Bravo 和 Magnis 文库自动化平台优化

5、由遗传病专家团队精心挑选和优化

SureSelect 临床研究全外显子组 V4 具有更全面的基因覆盖范围、更优异的捕获均一性，支持 Magnis 和 Bravo 自动化文库构建等特点，是遗传性疾病研究的强有力工具，是全外显子组产品不断进行系统性更新的一个重要注脚，强烈推荐给做遗传病研究的老师与医生。

参考文献

1. Luo X, Wang R, Sun Y, Qiu W, Lu D, Wang Y, Gong Z, Zhang H, Han L, Liang L, Gu X, Yu Y, Xiao B. Deep intronic PAH variants explain missing heritability in hyperphenylalaninemia. J Mol Diagn. 2023 Feb 25:S1525-1578(23)00030-2. 

2. Melissa Alame, Delphine Lacourt, Reda Zenagui, Déborah Mechin, Fabienne Danton, Michel Koenig, Mireille Claustres, Mireille Cossée. Implementation of a Reliable Next-Generation Sequencing Strategy for Molecular Diagnosis of Dystrophinopathies. J Mol Diagn . 2016 Sep;18(5):731-740.

3. Wong LC, Chen T, Wang J, et al. Interpretation of mitochondrial tRNA variants [published correction appears in Genet Med. 2020 Mar 5; Genet Med. 2020;22(5):917-926.

4. Wong LC, Chen T, Schmitt ES, et al. Clinical and Laboratory Interpretation of Mitochondrial mRNA Variants [published online ahead of print, 2020 Jul 11]. Hum Mutat. 2020;10.1002/humu.24082.